初級、中級、高級三個級別的考核方式均為閉卷考試。

食品合規管理職業技能初級、中級考核采用筆試方式，高級考核采用筆試+答辯考核的方式，筆試考核在計算機上完成，采用無紙化考核，考生登錄培訓評價組織證書考試系統進行考核；答辯考核在經由評價組織審核通過的考核站點進行，由考核站點下發《食品合規管理職業技能答辯考試通知單》，考生按照要求進行現場面試答辯考核。

每次上機考試的試題由計算機程序從題庫隨機抽取相應題目組成。

筆試考核時間均為120分鐘，高級證書答辯考核時間為30分鐘。